Trong thời kỳ nhà Nguyên, khi Thượng Hải đã trở thành một quận lỵ trong tổ chức hành chính của Nhà Nguyên, nó vẫn là một thành phố tương đối nhỏ.

Trong thời nhà Minh, nơi mà ngày nay là thành phố Thượng Hải đã là một phần của tỉnh Giang Tô (với một phần nhỏ ở tỉnh Chiết Giang). Vị trí của Thượng hải ở cửa sông Dương Tử đã dẫn đến sự phát triển của nó như là thương mại ven biển phát triển trong các nhà Thanh, đặc biệt là vào thời kỳ Càn Long. Dần dần, các cảng của Thượng Hải đã vượt qua các cảng của Ninh Bá và cảng Quảng Châu để trở thành cảng lớn nhất của Trung Quốc vào lúc đó.

Năm 1842, Thượng Hải đã trở thành một thương phụ, do đó phát triển thành một thành phố thương mại quốc tế. Đến thế kỷ 20, nó đã trở thành thành phố lớn nhất ở vùng Viễn Đông, và cảng lớn nhất ở vùng Viễn Đông.

Năm 1949, với việc chính quyền Mao Trạch Đông tiếp quản trong Thượng Hải, hoạt động ngoại thương đã bị cắt đột ngột. Các chính sách kinh tế của Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa lúc đó đã làm tê liệt cơ sở hạ tầng của Thượng Hải.

Năm 1991, chính phủ trung ương cho phép Thượng Hải bắt đầu cải cách kinh tế. Kể từ đó, các cảng của Thượng Hải đã phát triển với tốc độ ngày càng tăng. Đến năm 2005, cảng nước sâu Dương Sơn được xây dựng trên các đảo Dương Sơn, một nhóm các đảo trong vịnh Hàng Châu, kết nối Thượng Hải qua cầu Đông Hải. Điều này cho phép phát triển các cảng để vượt qua điều kiện nước nông ở vị trí hiện tại của nó, và để cạnh tranh với một cảng nước sâu, gần đó cảng Ninh Bá Chu San.